温州市疾病预防控制中心于2000年7月根据温政办〔2000〕19号文件撤消原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作为市卫生局领导下具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。现有人员编制160名，正式职工157人，专业技术人员131人，高级技术职称16人，占12.21%;中级技术职称52人，占39.69%，初级技术职称58人，占 44.27%，未定级5人，占3.82%。现设职能科室4个、业务科室16个。主要负责全市疾病预防控制技术对策措施的指导及实施;重大疫情和中毒事件的调查控制;疾病监测、流行病学调查;疫苗使用管理、消毒、杀虫、灭鼠技术指导和效果检测评价;职业卫生有害因素监测、调查、控制和卫生学评价，放射卫生场所监测与评价，X机设备性能检测、个人计量检测，是温州市唯一一家职业病(尘肺与中毒)诊断机构并通过续展;市属企业从业人员的健康体检;指导开展健康教育、健康促进等工作。2005年4月，高15层、建筑面积约2万平方米的疾控新大楼正式启用。几年来，中心始终坚持以人为本、开拓创新，不断完善突发公共卫生应急体系，履行疾病防控职责，取得了显著的成效。近年来，市疾控中心加强传染病的预警和监测能力，及时处置各类突发公共卫生事件，在“非典”、禽流感、霍乱、手足口病、艾滋病、结核病、麻疹等重大传染病的防控工作中发挥了重要作用。特别在2009年甲型H1N1流感防控工作中，在市委、市政府的正确领导和上级卫生行政部门的指导下，迅速行动，采取积极有效的措施，为防控疫情的扩散和蔓延赢得了宝贵时间，得到了省委省政府领导的充分肯定。2009年，中心荣获全国医药卫生系统先进集体称号。近几年，全市各种传染病、地方病疫情得到有效控制;结核病控制项目受到WHO官员的高度赞扬;免疫管理疫苗接种率继续保持在较高水平，规范化门诊建设走在全省前列;健康体检和卫生检验为疾病控制和卫生监督提供有力技术支撑，通过了实验室计量认证和职业卫生技术服务机构资质认证续展，建立了适用、有效的质量体系;职业危害因素监测评价与控制保护了职工的身体健康;健康教育注重针对性，发挥了独特的防控作用，为保障全市人民身体健康，促进经济社会发展作出了重大贡献。充分利用现有技术和设备优势，全面加强与国内外有关科研机构，大专院校及有关单位的合作，广泛开展疾病预防控制和公共卫生领域的科学技术研究。近些年来，中心的科研能力与科研业绩有较大幅度的提高。截止目前，已经发表SCI文章两篇，在国家一级杂志发表业务论文30余篇。中心充分利用现有技术和设备优势，全面加强与国内外有关科研机构，大专院校及有关单位的合作，广泛开展疾病预防控制和公共卫生领域的科学技术研究。近些年来，中心的科研能力与科研业绩有较大幅度的提高。实验室能力建设取得积极成效，2008年5月被温州市卫生局列为卫生理化检验重点学科。拥有超高效液相色谱-三重四极杆质谱联用仪、液相色谱-电感耦合等离子体质谱联用仪、气相色谱质谱联用仪等一批国际一流的检测仪器和设备。2007年12月，通过浙江省检测机构计量认证复评审，总检测能力己达556项，能开展一批具有世界先进水平的检测项目，名列全省地市级疾控中心前茅。2010年内通过计量认证复评审和扩项评审，总检测能力已达800多项，成为全国地市级疾控中检测项目覆盖面最广的卫生检验实验室之一。拥有一批国际一流的检测仪器和设备，拥有7个生物安全二级实验室及多个百级净化实验室，仪器设备和实验条件，在浙江省甚至国内同级实验室处于领先水平。本着“重心下沉，关口前移”的疾控工作方针，市疾控中心统一思想、加大投入、协调组织、加强宣传，加强对农村公共卫生三大类12项服务项目的指导，将疾控工作向农村基层和社区延伸。充分发挥专业优势，帮助基层建立疾病监测、报告网络，完善基层预防保健网，帮助建立完善的儿童计划免疫管理系统。掌握农村健康危险因素和农民常见病、多发病，通过社区诊断，明确农村公共卫生工作重点，有的放矢地开展防疫工作。编制农村健康教育读本等相应的健康教育资料，有针对性地指导开展农村健康教育和健康促进工作。面对不容乐观的艾滋病疫情上升趋势，市疾控中心及时调整宣教策略，艾滋病宣教走进建筑工地，采用专题讲座、放映多媒体防艾宣传片、面对面咨询互动、发放宣传单等方式，有效地提高了农民工对艾滋病的认知能力。制订下发《温州市农村生活饮用水卫生监测技术方案》，积极开展县级疾控中心水质监测能力调查，初步形成了比较完善的农村生活饮用水卫生监测网络。组织专业技术人员深入基层，开展送健康服务下乡活动，加大对基层防保机构管理人员和业务人员培训力度，提高了农村公共卫生服务人员的业务水平，为社会主义新农村建设健康家园提供了有效保障。